Резервне копіювання вручну у лінуксі.

Базове, для окремих файлів:
Резервні копії у наутилусі я зазвичай роблю через послідовне натиснення Ctrl+C, Ctrl+V. Досить зручно, враховуючи, що на відміну від Dolphin (що має купу своїх переваг) перший створює копію нічого не питаючи.
Після закінчення роботи можна швидко вичистити копії за допомогою

find . -name "*копія*" //перевірка, чи все можна видалити
// Увага! Видалення!
find . -name "*копія*" -exec rm {} \;

Це якщо у вас українська мова і ви не використовуєте слово "копія" у назвах файлів.

Оптимальніше, для каталогів:
Якщо хочеться надійного, зручного і економного резервного копіювання, то є хороша програма Back In Time. Єдина затримка - треба спочатку [її встановити і] додати потрібні каталоги до списку. Зате потім досить тицяти у одну кнопку, а все інше, включно з контролем кількості копій і вільного місця на диску (і все це налаштовується) вона виконає сама.